رئيس الجمهورية هو القائد الأعلى للقوات المسلحة الوطنية، وهو الذي يعين قادة الجيش الذي تتشكل فروعه حسب الهيكلة الجديدة من:
قيادة قوات خاصة على مستوى الجيش الوطني (البري و الجوي والبحرية )
وتتبع للأركان العامة للجيوش التي تمثل قيادة الجيش هيئات التخطيط والمديريات المركزية والمكاتب والمناطق العسكرية وهيئات التدريب والتكوين.