تقوم مديرية البحرية بضمان السيادة الوطنية ضمن الحدود البحرية المنصوص عليها في القوانين الوطنية والدولية التي صادقت عليها موريتانيا والمشاركة في التنمية الوطنية من خلال رقابة الثروات السمكية والقيام بأعمال ذات طابع إنساني (الإنقاذ البحري). يوجد تحت إمرة المديرية مركز للتدريب البحري يوفر لها الطاقم التقني القاعدي الضروري وكتيبة مشاة بحرية لحماية الشواطئ البحرية والنهرية.